整體性原則 農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)是受人工控制的自然、經(jīng)濟(jì)、社會的復(fù)合系統(tǒng)，制定規(guī)劃時要以生態(tài)學(xué)原理和經(jīng)濟(jì)規(guī)律為指導(dǎo)，用系統(tǒng)、整體觀念，進(jìn)行全面規(guī)劃，做好總體布局。合理安排，統(tǒng)籌兼顧，協(xié)調(diào)農(nóng)業(yè)內(nèi)外各部門之間的關(guān)系，發(fā)揮系統(tǒng)的整體功能，實(shí)現(xiàn)生態(tài)、經(jīng)濟(jì)、社會三大效益的同步增長。
資源開發(fā)、利用和保護(hù)相結(jié)合原則 對資源不僅要合理利用，還要積極的保護(hù)，對可更新資源合理利用與增殖，對不可更新資源合理利用與保護(hù)，只有這樣，方不致于對資源的開發(fā)利用消耗超過資源再生速度，使資源得到永續(xù)利用。
因地制宜的原則 農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)的生態(tài)環(huán)境具有多樣性和地域差異性，各地區(qū)的農(nóng)業(yè)生態(tài)設(shè)計和配套技術(shù)，生態(tài)農(nóng)業(yè)的建設(shè)不可能是相同的，必須根據(jù)當(dāng)?shù)鼐唧w生態(tài)環(huán)境特點(diǎn)、自然條件和社會經(jīng)濟(jì)條件，選擇農(nóng)民群眾關(guān)心、見效快的項(xiàng)目。揚(yáng)長避短，發(fā)揮地區(qū)優(yōu)勢，制定規(guī)劃，發(fā)展適合當(dāng)?shù)靥攸c(diǎn)的類型和模式。
多業(yè)結(jié)合、集約經(jīng)營原則 生態(tài)農(nóng)業(yè)必須是多業(yè)結(jié)合，包括農(nóng)業(yè)內(nèi)部的橫向聯(lián)系和農(nóng)業(yè)外部的橫向聯(lián)系，實(shí)行集約經(jīng)營，揚(yáng)長避短，發(fā)揮優(yōu)勢。